ГУП «Мосавтотранс» работает на рынке транспортных услуг в Москве и регионах Российской Федерации. Совместно с Московским автомобильно-дорожным государственным техническим университетом (МАДИ), Государственным научно-исследовательским институтом автомобильного транспорта (НИИАТ), Научно-исследовательским и проектным институтом Генерального плана города Москвы (НИиПИ), Мосавтотрансведет научно-исследовательскую работу по проблемам грузового автотранспорта.
Предприятие является соисполнителем транспортной части более десяти отраслевых городских программ, таких как: развитие рефрижераторных технологий, внедрение новых видов противогололёдных реагентов, повышение экологических характеристик автотранспортных средств и других инновационных, технологических, социально-экономических городских заказов, реализуемых Департаментом транспорта и развития дорожно-транспортной инфраструктуры города Москвы.